Epigenetiikasta

[Horizontal]

Darwinin puhdasoppisuudelle hieman harhaoppista vastinetta löytyypi tutkimuksesta vuodelta 2008: Soft inheritance: challenging the modern synthesis

Lopusta lainaus:

Evolutionary biology today has to incorporate soft inheritance, saltational changes due to systemic mutations, and various types of genetic exchange and cooperation. These all challenge the assumptions of the Modern Synthesis. We believe that rather than trying to continue to work within the framework of a Synthesis that was made in the middle of the last century, we now need a new type of evolutionary theory, one that acknowledges Darwinian, Lamarckian and saltational processes.

Hieman harhaanjohtavasti vähättelen yllä Darwinia, mutta Darwinin teoria on kiihtyvän tieteellisen tutkimuksen maailmassa antiikkinen ja puutteellinen, täydennystä ja selvennystä kaipaava. Darwin toki ansaitsee kunnian, muttei lopullisen totuuden evoluution saralla löytäneenä, vaan merkittävän esityön tehneenä.

Tarkemmin epigenetiikasta kiinnostuneen kannattaa lukea kappale  The soft inheritance of epigenetic variations.

Jälleen uusi termi, soft inheritance, jolle löytyy selvennys wikistä Wiki: Soft Inheritance, muttei valitettavasti suomenkielistä vastinetta. Vastakohtana perinteiselle tiukasti geeneihin sidotulle periytyvyydelle (hard inheritance), epigeneettisempi puoli periytyvyyttä voitanee suomentaa väljäksi periytyvyydeksi.

[Heikki Jokipii]

[...] Darwinin teoria on kiihtyvän tieteellisen tutkimuksen maailmassa antiikkinen ja puutteellinen, täydennystä ja selvennystä kaipaava. Darwin toki ansaitsee kunnian, muttei lopullisen totuuden evoluution saralla löytäneenä, vaan merkittävän esityön tehneenä.

Tätä mieltä oltiin jo 1930-luvulla, jolloin Julian Huxleyn johdolla muodostettiin jo silloin päivitetty versio darvinismista, työnimellä "The New Synthesis". Eikä teorian kehitys ja hiominen tietysti edes tuohon loppunut.

Kuten tunnettua, Darwinilla ei mm. ollut mitään kunnon käsitystä periytyvyyden mekanismista. Vaikka Mendel oli aikalainen, Mendelinkin teoriat löivät läpi vasta uudelleen keksittyinä 1900-luvun alussa. Niinpä Darwinin teoria on oikeastaan esimerkki loistavasta, rohkeasta arvauksesta (tyyliin Karl Popper), joka vasta myöhemmin on saanut tieteellisen statuksen, mm. perinnöllisyystieteen tulosten kautta.

***

PS. Julianin veli Aldous taas kirjoitti kirjan "Uljas, uusi maailma" - joka kirja saattaa olla jossakin mielessä olla biologiaan liittyvien pelko- ja kauhukuvitelmien "äiti" ...

[Horizontal]

Mielenkiintoista tekstiä kirjasta, jossa käsitellään nutrigenomiikkaa ja nutrigenetiikkaa.
Direct and Indirect Regulation of Gene Expression by Nutrients

Ilmaiskatselusta poiminta:

Macronutrients such as fatty acids and their metabolites, monosacharides, amino acids, nucleotides, and micronutrients, such as vitamins can directly interact with transcription factors controlling the expression of specific genes through cis-regulatory elements in the promoter region. Alternatively, most nutrients also regulate genes indirectly, by regulating the secretion or intracellular action of one or more hormones, such as insulin, glucagon, glucocorticoids, and thyroid hormone, which themselves alter expression of specific genes.

Suomemmaksi (huonoksi, mitä pahoittelen):
Makroravinteet kuten rasvahapot ja niiden aineenvaihduntatuotteet, monosakkaridit, aminohapot, nukleotidit ja mikroravinteet kuten vitamiinit voivat suoraan vaikuttaa transkriptiotekijöihin, jotka ohjaavat tiettyjen geenien ilmentymistä cis-regulaaristen osien kautta promoottori-alueella. Vaihtoehtoisesti, suurin osa ravintoaineista ohjaa geenejä epäsuorasti, ohjaamalla yhden tai useamman hormonin eritystä tai solujenvälistä toimintaa, sellaisten kuten insuliini, glukagooni, glukokortikoidit, ja thyriini, jotka puolestaan muuttavat tiettyjen geenien ilmentymistä.

Lyhyesti: syöty ravinto muuttaa suoraan ja epäsuorasti hormonien kautta geenien toimintaa.

[Horizontal]

Edellinen ei ollutkaan mitään uutta tietoa vaan näyttää siltä, että hormonien vaikutuksista geenien ilmentymiseen on saatu selkoa jo vuonna 1997.

Control of gene expression in Eukaryotes

[Heikki Jokipii]

Useimmiten ihmisen kannalta relevanttia tässä asiassa on vain se, että jos ei saa jotakin tärkeätä mikroravinnetta, alkaa voida enemmän tai vähemmän huonosti. Ja tämäkin asia nykypäivänä lienee isompi ongelma vain kehitysmassa.

Erilaiset puoskarit kyllä yrittävät rahastaa asialla ja monet "välttämättömät" ravintolisät (€€€€!!!) tekevät kauppansa.

Jos mennään sen ulkopuolelle, mitä varmasti tiedetään proteiineista, vitamiineista, mikroravinteista, ollaankin jo aika hyllyvällä pohjalla.

Vaikkapa rasvakysymyksestä kolesteroleineen on yhä menossa "sota", vaikka nyt Suomessa toinen osapuoli Pekka Puskan ansiosta onkin "voitolla", sota jatkuu internetissä "sissisotana". Samoin hiilihydraateista. Ja suolasta. Ja n.e.:stä. Täyttä konsensusta ei ole edes omega 3-rasvahapoista- - Älkää kertoko vaimolle minun näin sanoneen, hän syöttää minulle näitä kapseleita joka aamu, enkä laita hanttiin ...

Tämä nutrigenomiikka ym. tuo sitten vielä sen näkökulman, että eri ravintoaineet voivat vaikuttaa eri ihmisiin eri tavalla.

Mutta tulee siinä mukana sellainenkin ajatus, että organismi käyttää hyväkseen ravintoaineista vain sen, mitä tarvitsee. Esimerkkinä vaikkapa c-vitamiini, tai sitten yksinkertainen ylensyönti: liika tulee pois jommasta kummasta päästä jne. Luultavasti juuri ihmisen kaltainen kaikkiruokainen ja vaihtelevissa ympäristöissä elänyt ja kehittynyt eliö on evoluutionsa aikana sopeutunut siihen, että ruumis osaa ottaa vaihtelevista ruoka-aineista sen, mistä milloinkin on pula ja poistamaan liian ja haitallisen, eli palauttamaan toimivan tasapainon. Näin ei tietysti ole hyvin suuren häiriön sattuessa, kyllä ihminenkin johonkin myrkkyyn kuolee/siitä sairastuu.

Ja edelleen (lihav. korostus HJ):

Lyhyesti: syöty ravinto muuttaa suoraan ja epäsuorasti hormonien kautta geenien toimintaa.

Eikä siis itse geenejä.

[Horizontal]

Lyhyesti: syöty ravinto muuttaa suoraan ja epäsuorasti hormonien kautta geenien toimintaa.

Eikä siis itse geenejä.

Vai joko tässä Vitamin E, selenium may alter genes olisi puhetta geenimuutoksesta:

Notably, the researchers reported an change in the expression of the TP53 gene, which codes for p53, an important protein involved in the functioning of a normal cell cycle and acting as a tumour suppressor.

Tarkkaan ottaen, ei ihan.

Toistaiseksi ei lie havaittu suoraa yhteyttä ruoka-aineen ja geenimuutoksen välillä .. tai ei ainakaan ole kerrottu havaitun, mutta jos ympäristöstä johtuvia geenimuutoksia tapahtuu kasveilla, miksi ihminen olisi poikkeus?

Mutta jo tuo, että ruoka-aineella voi olla ja on suora vaikutus siihen, miten geeni vaikuttaa elimistössä, on jokseenkin järisyttävä tieto, varsinkin siihen nähden, että ihmiset popsivat tietämättään monia hormonien kaltaisia aineita, jotka eivät ole oikeita hormoneita, mutta vaikuttavat elimistössä kuten hormonit ja aiheuttavat häiriöitä hormonien toimintaan, jotka siis suoraan vaikuttavat geenien toimintaan.

Geenien toiminta kuulostaa yksinkertaiselta termiltä, mutta jos miettii mitä jo geenien toiminnan muuttuminen tarkoittaa ...
Sitä saattaa ajatella, että mikä hedelmöitetyssä alkiossa on laitettu alulle ja mikä synnyttyään on kasvanut aikuiseksi ihmiseksi, olisi valmis, ettei geeneillä olisi aikuisessa enää mitään toimitettavaa. Todellisuus on toinen, geenit ohjaavat elimistön toimintaa koko ajan ja mikä tahansa geenien toimintaan vaikuttava muutos voi olla lopulta ikävä seurauksiltaan, ensimmäisenä tulee mieleen moninaiset syöpäsairauksien ilmenemismuodot.

Jos geenin toiminta muuttuu, ihmisen toiminta muuttuu ... pelkästä geenien toiminnan muuttumisesta voi siis seurata hyvin paljon asioita eikä geenien toiminnan muuttuminen ole minusta mitenkään vähättelyn arvoinen asia.

 

[Heikki Jokipii]

Vai joko tässä Vitamin E, selenium may alter genes olisi puhetta geenimuutoksesta:

Notably, the researchers reported an change in the expression of the TP53 gene, which codes for p53, an important protein involved in the functioning of a normal cell cycle and acting as a tumour suppressor.

Tarkkaan ottaen, ei ihan.

Toistaiseksi ei lie havaittu suoraa yhteyttä ruoka-aineen ja geenimuutoksen välillä .. tai ei ainakaan ole kerrottu havaitun, mutta jos ympäristöstä johtuvia geenimuutoksia tapahtuu kasveilla, miksi ihminen olisi poikkeus?[/size]

"Expression of the gene" ei minusta tuossakaan tarkoita itse geenin muuttumista. Nythän - tämä "darwinismin" mukaan - ympäristöstä johtuvia geenimuunoksia kyllä tapahtuu niin, että satunnaiset mutaaatiot valikoituvat jne. Jolloin se kyllä näyttää siltä, varsinkin nopeasti lisääntyvillä eliöillä.

Mutta ihan filosofisesti. Jos elämä, eri muodoissaan, on ollut täällä siinä 3 miljardia vuotta ja kehittynyt suurin piirtein Darwinin mallin mukaan, niin jos tällainen herkkyys ravintoaineille olisi olemassa: eivätkö nämä "herkät" (lajit/yksilöt) olisi karsiutuneet aikoja sitten? Ja varsnkin ihmiskunnasta?

Jos ihmiskunnan historian kuvaus on edes jokseenkin totta, nk. ihanneravintoa ("Eedenin puutarhassa") ei ole olemassa. Vaikka nk. ravintotieteen 17 (vai oliko se 177?) koulukuntaa väittävätkin sen löytäneensä. Ja varsinkin "Tohtori Toloset".

Jos geenin toiminta muuttuu, ihmisen toiminta muuttuu ... pelkästä geenien toiminnan muuttumisesta voi siis seurata hyvin paljon asioita eikä geenien toiminnan muuttuminen ole minusta mitenkään vähättelyn arvoinen asia.

Ei ole, mutta asiasta saa - kuten sanottu - luultavasti hyvin vähän irti siinä tarkoituksessa, että se olisi syy välttää GM-tekniikkaa.

PS. Itse asiassa mainitsin sinulle yhdestä tämän tekniikan niksistä, jossa "sammutetaan" yhden geenin vaikutus. Et vastannut kysymykseeni, onko tämä sinusta hyväksyttävää? Siinä ei siirretä geeniä organismista toiseen. (Jos vastaat tähän, jaetaan aihe. Tämä juttu on erityisen mielenkiintoinen, minusta.)

[Heikki Jokipii]

Vaikkapa rasvakysymyksestä kolesteroleineen on yhä menossa "sota", vaikka nyt Suomessa toinen osapuoli Pekka Puskan ansiosta onkin "voitolla", sota jatkuu internetissä "sissisotana". Samoin hiilihydraateista. Ja suolasta.

Tähän näkemykseeni tuli heti vahvistus:

Sydänmerkki säilyy ravitsemusmerkkinä Suomessa (Ruokatieto)

Pohjoismainen merkki ei kelvannut, koska "Suomi on tiukempi suolalle":

- Avaimenreikämerkissä on puutteita. Sen kriteereissä esimerkiksi "ravitsemuksellisesti parempi leipä" voi sisältää suolaa 1,25 prosenttia, kun Sydänmerkissä yläraja on 0,7 prosenttia, Olli huomauttaa.

[Horizontal]

Bioteknologia-alan sanasto tietää kertoa, että

Nutrigenomics

- The science of nutrigenomics seeks to provide a molecular understanding for how common dietary chemicals (i.e., nutrition) affect health by altering the expression and/or structure of an individual’s genetic makeup. The conceptual basis for this new branch of genomic research can best be summarized by the following Five Tenets of Nutrigenomics:

• Under certain circumstances and in some individuals, diet can be a serious risk factor for a number of diseases.
• Common dietary chemicals can act on the human genome, either directly or indirectly, to alter gene expression or structure.
• The degree to which diet influences the balance between healthy and disease states may depend on an individual’s genetic makeup.
• Some diet-regulated genes (and their normal, common variants) are likely to play a role in the onset, incidence, progression, and/or severity of chronic diseases.
• Dietary intervention based on knowledge of nutritional requirement, nutritional status, and genotype (i.e., “personalized nutrition”) can be used to prevent, mitigate or cure chronic disease.

syöty ruoka voi muuttaa geenin rakennetta. (boldattu kohta)

[Matti Pekkarinen]

Suolasta: Poikkesin Lidlissä ja ostin tanskalaisen leikkelelihapakkauksen. Suolan määrä tosiaan oli selvästi korkeampi kuin suomalaisissa valmisteissa. Sama havainto on tullut (harvoilla) ulkomaanreissuillani: suolaa ei säästellä. Mutta kuitenkin keskieurooppalaiset ja eteläeurooppalaiset elävät yhtä vanhoiksi, elleivät vanhemmiksi kuin suomalaiset. Kummaa.
http://www.ktl.fi/org/esittely/huttunen/elinajan_odote_eu-maissa.pdf

Matti